肯亞面積582646平方公里，地跨赤道，東與索馬利亞為鄰，北與衣索比亞、南蘇丹共和國接壤，西與烏干達交界，南與坦尚尼亞相連。東南瀕印度洋，海岸線長536公里。

沿海為平原地帶，其餘大部分為平均海拔1500米的高原。東非大裂谷東支縱切高原南北，將高地分成東、西兩部分。

大裂谷谷底在高原以下450－1000米，寬50－100公里，分佈著深淺不等的湖泊，並屹立著許多火山。

北部為沙漠和半沙漠地帶，約佔全國總面積的56%。中部高地的肯亞山海拔5199米，最高峰、非洲第二高峰，峰頂終年積雪。瓦加加伊死火山海拔4321米。

位於熱帶季風區，大部分地區屬熱帶草原氣候，沿海地區溼熱，高原氣候溫和。3-6月、10-12月為雨季，其餘為旱季。年降雨量自西南向東北由1500毫米遞減到200毫米。首都內羅畢氣候溫和，年平均氣溫17。7°C，年降雨量1049毫米。

肯亞礦藏主要有純鹼、鹽、螢石、石灰石、重晶石、金、銀、銅、鋁、鋅、鈮和釷等，除純鹼和螢石外，多數礦藏尚未開發。

主要礦物有東南部塔莫塔附近的重晶石，姆裡馬山的鈮和西南部卡卡梅加、馬卡爾傑的金。吉爾吉爾是世界最大的矽藻土礦之一，馬加迪湖中有豐富的天然鹼和鹽。

肯亞森林面積8。7萬平方公里，佔國土面積的15%，林木儲量9。5億噸。

肯亞位於東三區，與北京時晚5個小時。