耶律重元是遼聖宗耶律隆緒最小的兒子，太平元年（1021年），耶律重元出生，便被封為鄭王。太平三年（1023年），封為秦國王。

遼聖宗死後，欽哀皇后蕭耨斤攝政，掌權後的蕭耨斤權力慾望進一步膨脹，她擔心耶律宗真親政後，自己的權力會被削弱，於是就與蕭孝先兄弟合謀，企圖廢掉耶律宗真，另立自己的小兒子耶律重元為帝，以此來延長自己的掌權時間。13歲的耶律重元無意間聽到了母親的謀劃，他在皇位與哥哥之間選擇了後者，耶律重元把這件事告訴了兄長耶律宗真，這在爾虞我詐的皇室是難能可貴的。耶律宗真不甘被廢，畢竟被廢的皇帝可沒幾個好下場。於是，暗中策劃後決定先發制人，在重熙三年（1034）五月，蕭耨斤和耶律宗真去行宮消暑，但是蕭耨斤的親信卻沒有跟著一起去。耶律宗真見時機成熟，先找扣押了蕭孝先，接著帶著500名親兵包圍了行宮。耶律喜孫更是帶人直闖蕭耨斤的臥帳，殺死她身邊的內侍，然後把她送往了慶州軟禁起來，耶律宗真次日就下旨將蕭耨斤廢為庶人。解除危機後的耶律宗真，也沒有虧待耶律重元這個弟弟，在原有的爵位上加封為皇太弟，表示自己去世后皇位讓給耶律重元。但是當耶律宗真自己的兒子長大後，他後悔了當初的決定。在臨去世之前，沒有把皇位傳給耶律重元，而是傳給了自己的兒子耶律洪基，即遼道宗。

耶律洪基即位後，又封叔叔耶律重元為皇太叔（這個皇太叔基本上是沒有即位的可能，畢竟耶律洪基比耶律重元小了11歲，皇太叔這個封號更像是耶律洪基為了彌補耶律重元對自己和父親兩讓皇位的名譽補償，不管耶律重元有沒有實力爭奪地位，但是他放棄了有可能成為皇帝機會是事實）、天下兵馬大元帥，受到宗室最高優待，此時的耶律重元可以說是一人之下，萬人之上。此時的耶律重元可能會有點鬱悶，畢竟沒有人既當過皇太弟後，又當皇太叔的，但耶律重元的兒子耶律涅魯古此時已經長大了，他比他的父親更加有野心，於是開始了對父親耶律重元的蠱惑，不是每個人都能面對誘惑無動於衷的，更何況是自己兒子連續好幾年的勸說。終於在九年後，也就是在遼道宗清寧九年（1063年），耶律重元聯合其子耶律涅魯古、陳國王陳六、知北院樞密事蕭胡睹等人謀反，事敗的耶律重元自殺。

耶律重元的謀反可謂是一招出錯，滿盤皆輸。如果耶律重元沒有聽信兒子的話，以平常心對待皇位，在他死後像讓位給唐玄宗的李憲一樣被

追封皇帝

也是有個可能的，畢竟他生前就是皇太叔了。