龐大的明朝皇族朱氏數十萬成員，大部分在崇禎皇帝自殺後被農民軍屠殺了。還有一部分又在抗清保國的戰爭中壯烈殉國了。除了這兩部分外，在這場空前浩劫中僥倖逃生的皇族成員，又開始了更加艱難的生活。

據歷史記載，在明清鼎革之際，有一部分皇族成員，如皇太子朱慈烺、崇禎三子定王朱慈炯、四子永王朱慈炤，秦王朱存樞、晉王朱求桂、代王朱傳，先被李自成農民軍俘虜至北京。清抹攻陷北京後，這部分被俘皇族在兵荒馬亂中失蹤，生死不如，下落不明，一直成了歷史疑案。

為了躲避滿清的迫害，一部分皇族成員，在國破家亡之後，紛紛隱姓埋名，或竄伏山林，或輾轉流徙，開始了艱難的逃亡生活。如出自寧藩的宗室八大山人，在明亡後，便自動放棄了朱姓，後來乾脆出家當了和尚，只是把明朝滅亡的日期，偷偷地組成花押簽在他的畫裡，以志不忘自己是大明子孫。

據說崇禎皇帝有個兒子僥倖逃過追殺，在明亡後的幾十年間，隱姓埋名，最終未能躲過康熙皇帝的嚴查，身份暴露後，康熙並未念及他已是70多歲老人，立即將他凌遲正法，並且全家斬首。他就是崇禎皇帝第五子朱慈煥。

朱慈煥是崇禎皇帝的第五個兒子，因為在皇子中長大成人的排行中，第三個年齡大，又稱“朱三太子”，最後在逃亡中只有朱三太子幸運逃走，開始了長達六十多年的隱姓埋名生活。

清朝入關後，朱慈煥曾經要過飯，後來被一名明朝收留，官員並把女兒嫁給他，繁衍生息幾十年。清朝統治者一直以來並沒有放鬆對明朝宗室的搜查追殺，朱三太子雖然安家落戶，但仍然格外警惕，不多張揚，不多交流，生怕厄運會降臨到自己和妻妾後代身上。

1699年，康熙準備祭奠明朝皇陵，希望找到一位明朝宗室辦理明朝皇陵。已花甲之年的朱三太子得知後，如釋重負，心想清朝終於不再追殺明朝皇室後人了，便漸漸放鬆了警惕。不料九年後大批清軍將他家包圍，將朱三太子及其家人全數抓走，經過審訊，朱三太子承認自己就是崇禎皇帝的兒子，此事一出立即震動康熙皇帝。

朱慈煥已經70歲了，老態龍鍾，早已沒有謀反之心，況且康熙皇帝已經下詔尋訪明朝宗室來辦理明朝皇陵，他心想可以逃過此劫，但朱慈煥完全想錯了，寬厚仁愛的康熙立即下詔：“朱三凌遲正法，其子俱立斬”

已是白髮蒼蒼的朱慈煥和幾十個家人後代連夜被押往刑場，臨死之前朱慈煥流著眼淚說到：“沒想到我大明宗室被斬盡殺絕，我終究沒有逃過此劫呀。”眼看妻子後代被逐一斬首，他也被劊子手凌遲處死，終年76歲。至此，崇禎皇帝的子嗣徹底死絕，無一倖存。