南京明故宮於1366年開始興建，此時的朱元璋是以吳王身份修建新宮。兩年後，朱元璋稱帝，開始了大規模的建設，於1392年建成了佔地面積達101萬平方米的明故宮，前後歷經26年。如今的南京明故宮僅存城門與殘柱，那麼南京故宮為何沒有儲存下來？

明英宗正統十四年（1449），天降雷雨，南京皇宮的謹身、華蓋等殿被雷電所擊中，引起大火，很多宮殿被燒燬。明憲宗成化二十一年（1485），南京突然颳起大風，颳倒了皇宮內的很多大樹，倒掉的大樹又壓垮了大祀殿及皇城各門的獸吻。對於南京皇宮的這些損毀，英宗和憲宗的態度就是不管，隨它的便。

清軍入關以後，對明朝進行了大規模的清掃，其中就包括古都南京。當時清朝統治者為了加強南方的統治，特意在南方駐紮了大量的軍隊，並將軍隊的駐地設定在那時候的明朝舊都，要知道此時的南京故宮因為沒有及時修繕已經非常破敗了，加上清軍的肆意破壞就更加所剩無幾。清朝晚期以後，太平天國建立，先是在南京燒殺搶掠，後來天王又給自己建造新的宮殿，把明故宮能用的東西都拆卸的差不多。

今天的中都鳳陽皇城最起碼還有城牆、門、護城河、基址、豐富的遺址遺蹟，而南京城的明故宮在解放後，又經歷了大拆大建，現在明故宮遺址全被現代化建築覆蓋，僅剩幾個門，幾個石敦子、片瓦啥的，所以到今天明故宮現狀連中都鳳陽都不如，80的年代以後明故宮保護才被正視，但保護工作已越來越困難重重。