清朝入主中原之後，當時的朝鮮曾經是前朝明代的藩屬國，他們只認同漢人的統治，而皇太極建立的王朝卻是滿族人的政權，他們並不願意承認皇太極的皇帝身份。

當時朝鮮對滿清政權的態度非常惡劣，皇太極對此極其憤怒，為了維護自己的尊嚴、宣揚國威，皇太極領兵出征，想要讓朝鮮民眾臣服於他。而滿人從小就在馬背上長大，他們天生驍勇善戰，所以滿清軍隊的戰鬥力非常強大。

當時討伐朝鮮的清兵人數達到了12萬人，他們在此之前經歷了很多戰爭，基於在之前戰爭中的經驗，清兵採用了“揚長避短”的戰略戰術，他們避開了朝鮮防守嚴密的金城湯池，反而憑藉著自身在野戰中的優勢直接攻打朝鮮都城，也就是現在的韓國首都首爾。

面對兵力強大的清軍，朝鮮根本沒有反抗之力，當時的朝鮮統治者——仁宗，最後只能落荒而逃。朝鮮國土面積窄小，逃跑的仁宗也只能南下躲在了南漢城。不過仁宗沒有想到清兵在之後更是一路高歌猛進，不假時日便又將南漢城給包圍了。

無路可逃的仁宗為了保留最後的生機，只能向清兵投降。1637年仁宗走出南漢城，並且向皇太極行“三跪九叩”之禮，表達其願意臣服於大清王朝的決心。朝鮮因此再一次成為清朝的藩屬國，隸屬清朝管轄。

成功討伐朝鮮之後，馬伕大（清朝將領）為了向皇太極邀功，便提出了建立“大清皇帝功德碑”的建議。皇太極本不是一個注重虛名的人，他一開始並沒有接受，但是當時朝鮮的某些官員想要藉此機會向皇太極表達他們的忠心，所以便極力附和馬伕大的提議。

為了能夠讓皇太極答應建碑，有些人還勸說皇太極：建立石碑並沒有什麼壞處，反而可以宣揚大清王朝的國威。皇太極便答應了建碑的提議。朝鮮政府在清兵撤退之後，便緊鑼密鼓地開始了建碑工程。

經過多番討論之後，朝鮮政府最終確定了石碑的規格：高度為5。7米，寬1。4米。為了表達朝鮮對大清王朝的祝福，石碑的底部是一隻石雕的烏龜，寓意大清國千秋萬代。碑文的文字最終使用滿文、蒙古文以及漢語文言文，內容則由朝鮮大臣擬定，之後以奏摺的形式呈送給大清，稽核之後才可以進行刻字。

對於大清來說，“大清皇帝功德碑”的建立是一種榮耀，但是對於朝鮮來說，此碑的建立是對他們明目張膽的侮辱。可是迫於清朝強大的兵力，他們不得不對清朝俯首稱臣，但是朝鮮的大臣以及民眾都極其不願意。

在這種思想的影響下，朝鮮政府很難找到願意撰寫石碑內容的人，有些接受了撰寫任務的朝鮮人為了能夠間接表達自己的不滿之意，他在撰寫時專門使用一些晦澀難懂，甚至充滿歧義的文字，這讓朝鮮政府很是苦惱。

當石碑內容艱難完成之後，朝鮮政府又遇到了新的難題，沒有書法家和篆刻家願意報名參加石碑的建設任務，儘管朝鮮政府高價徵集志願。最後朝鮮政府不得不向一些人施壓，動用政權強制他們參與石碑的建設。

石碑的出現引起了朝鮮民眾極大的牴觸，他們甚至產生了對當朝統治者的不滿情緒。朝鮮統治者為了維護自己的威望，反而將鍋甩給了當初被迫參與建設石碑的工作人員身上，還稱：凡是當初接受了賞賜（建碑時接受的賞賜）的人都應該將那些賞賜看作恥辱！

雖然朝鮮民眾、官員心中頗有微詞，但是他們卻不敢毀壞石碑，因為每當清朝官員巡查朝鮮時都會專門參觀石碑。為了防止清朝動怒，朝鮮只能盡心保護石碑。

直到甲午戰爭以後，清朝在朝鮮的勢力被驅趕，朝鮮的開化黨人才推到了這塊象徵百年之恥的石碑。1931年石碑重現天日，不過它在1956年時被認為是恥辱之碑重新被埋。直到1963年，朝鮮發生了一次洪水，陰差陽錯之下石碑再次出現，而這次之後朝鮮卻將石碑保留了下來，並作為歷史文物對其進行保護。