總旗、千戶、百戶皆為明朝錦衣衛制度中的重要官職，它們都是錦衣衛執法時的下層機構，想要了解總旗、千戶和百戶，就需要先清楚明朝的錦衣衛制度。

錦衣衛是明朝皇帝直屬下的一個特務組織，它並非是專屬官職，而是皇帝的秘密組織。錦衣衛組織主要負責對百官的監察和保護，其以蒐集情報為主，執法行殺為輔，其由皇帝秘密統轄，根本不需要經過六部都察院的認可。錦衣衛最高執法官為錦衣衛都指揮使，依照明朝官爵的品級，都指揮使官居正三品。

都指揮使之下，分別是指揮同知、指揮僉事和鎮撫使，指揮同知對都指揮使負責，指揮僉事對指揮同知負責，鎮撫使對指揮僉事負責，一般來說，這三大職務都是以兩人為次，遇到緊急情況，都指揮使才會增加名額。指揮同知依照品階為從三品，指揮僉事為正四品，鎮撫使為從四品。

鎮撫使之下，就是我們所要提到的千戶、百總、總旗、小旗了，千戶、百戶之下設副千戶、副百戶，總旗之下為小旗，也就是說，總旗是錦衣衛制度下最低的一層官吏。千戶對照鎮撫使，為正五品官階，副千總為從五品，百戶為正六品官階，副百戶為從六品官階，總旗為正七品，小旗則為從七品。鎮撫使之下，千戶、百戶、總旗、小旗都沒有人數上的規定。

不管是都指揮使，還是千戶、鎮撫使、總旗，它們都是皇帝直屬的秘密官員，因為該組織的特殊性，所以一般它也被視為是大明王朝的特務組織。

明朝時，錦衣衛明察暗訪，無所不在，其遍佈全國各地，甚至朝廷上的某些官員也具有錦衣衛成員的身份。錦衣衛是明太祖朱元璋設立的，太祖設定此組織的目的，就是為了瞭解官員和百姓之間的言行舉止。

千戶、副千戶、百總、副百總皆為錦衣衛制度下的下層官吏，千總、副千總的月俸為十六石或十五石，百總為九石或十石，他們雖然都屬於正六品之上的官員，但是在實際處理事務時，身份地位卻要明顯低於尋常的六品官員。錦衣衛畢竟不同於明朝的其它官吏，故而，其所謂品階上的差別也是虛擬的。

錦衣衛組織中，鎮撫使以上算是高階官吏了，而副百總至千總則為中級官吏，至於總旗、小旗，就是錦衣衛組織的基層了。進入了副百總，錦衣衛成員才算真正進入了決策層，不過，基層組織成員很多，想要升職，更是難上加難。

依照明太祖朱元璋和明成祖朱棣的規定，錦衣衛統轄人數為五千人，其中，一個千總負責一千人，一個百總負責一百人，這當然是明朝初期的規定。事實上，明朝後期錦衣衛組織都沒有按照這個規定執行，明朝中後期，錦衣衛組織不斷膨脹，其成員一度達到了六萬人多人。既有這樣龐大的組織，所謂千總、副千總、百總、副百總也就缺乏了實際的效果。隨著錦衣衛組織的擴大，明朝中後期千總、百總、總旗、小旗所管理的人數，也就更為混亂了。

錦衣衛組織一開始只是對皇帝負責，不過，隨著明朝中後期宦官權利的增強，錦衣衛也就實際成為了閹黨利用的工具。明朝權宦魏忠賢掌權的時候，錦衣衛成員多聽命於他，魏忠賢依靠錦衣衛成員，不斷打擊和威脅政敵，一度使得強盛的明朝走向了衰落。明後期，錦衣衛實際已經失去了它的效益，完全淪為了權宦亂政的工具。