努爾哈赤是由13副盔甲起家，逐步建立了自己的武裝，後來又根據戰時需要而建立起一種兵民合一的社會組織，他們平時為民，戰時為兵，隨著力量的不斷增強，努爾哈赤於萬曆二十九年（1601年）初建滿洲四旗：即正黃旗、正藍旗、正白旗和正紅旗，分別由努爾哈赤本人、胞弟舒爾哈齊、長子褚英和次子代善為各旗的第一任旗主，其中規定300人為一牛錄，5牛錄為一甲喇，5甲喇為一固山（也就是最早的旗），萬曆四十三年（1615年），又增加了四旗，即：鑲黃旗、鑲藍旗、鑲白旗和鑲紅旗，旗主分別由努爾哈赤、阿敏（努爾哈赤的弟弟舒爾哈齊的次子）、杜度（努爾哈赤的長子褚英長子）和代善擔任。

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晚年的努爾哈赤將自己親統的兩黃旗大部分授予了自己的三個幼子，阿濟格、多爾袞和多鐸，每個人15個牛錄，其餘的作為自己的親兵衛隊，明確規定阿濟格為鑲黃旗旗主，多鐸為正黃旗旗主，將來自己死後親兵全部歸多鐸，但卻沒有給多爾袞一旗，這讓史學家對多爾袞產生了很大的疑慮，有人認為這是努爾哈赤在明確多爾袞為王位繼承人的宣示，因為這樣的分配使得他們一母同胞的三兄弟在軍事力量上佔有很大的優勢，沒有其他兄弟可與之相比，舒爾哈齊背叛努爾哈赤後被殺，正藍旗由莽古爾泰統領（努爾哈赤第五子）。

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努爾哈赤在去世前準備將鑲白旗旗主杜度調到鑲紅旗，讓多爾袞擔任鑲白旗的旗主，只是還沒來得及安排妥當就去世了，皇太極乘勢奪取了鑲白旗，讓自己的長子豪格擔任旗主，並聯合努爾哈赤的其他幾個兒子一起逼死了多爾袞三兄弟的生母大福晉，多爾袞為保住自己的15個牛錄，只得依附於阿濟格的正黃旗旗下，滿族也以黃色為尊，皇太極繼位後，將原來的正黃旗和鑲黃旗改成正白旗和鑲白旗，而將自己所領的兩白旗改成兩黃旗，這樣一來，阿濟格就成了鑲白旗的旗主，多鐸成了正白旗的旗主，由於這兩白旗是努爾哈赤所留的親軍，所以仍是八旗中戰鬥力最強的。

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皇太極之所以沒有殺害他的這三位幼弟，一是因為他們年幼，對他沒有構成威脅，也沒借口除去他們，二來他也想拉通他們，用來制約另外三大貝勒，十二子阿濟格由於軍功高，脾氣直和莽撞，不易控制，於是皇太極就在一次阿濟格擅自為幼弟多鐸說親為由，廢掉了他的旗主，改由多爾袞擔任，隨後又先後採取策略廢掉了阿敏和莽古爾泰的旗主之位，改任聽話的濟爾哈朗擔任鑲藍旗旗主，德格類領正藍旗，不久德格類暴斃身亡，皇太極隨後吞併了正藍旗，又將混編後的正藍旗一部分牛錄給了豪格，崇德二年，又找藉口把兩白旗混編，但由於兩白旗歷史淵源，比較團結，所以混編後也沒受到太大的影響。

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經過皇太極的一番運作，等他死時，已為豪格留下了117個牛錄的力量，成為八旗中的第一大勢力，但多爾袞三兄弟仍然掌握著98個牛錄的兩白旗，儘管從數量上看，排行僅次於豪格，但整體戰鬥力卻與豪格不相上下，皇太極折騰了幾次也沒換走兩白旗的多大力量，這也是日後豪格和多爾袞兩人在爭奪皇位時誰也無法取勝的主要原因，雖然濟爾哈朗也倒向豪格，代善態度不太明朗，但多少也傾向於豪格，所以總體來說皇長子豪格的勝算要大些，但豪格一向勇悍，缺少政治思維，多爾袞軍事強硬，又富有政治頭腦，因此在皇位繼承上也表現出咄咄逼人之勢，最終兩人也算是旗鼓相當，無奈之下，只得各退一步，最後讓沒有任何實力的福臨撿了個大便宜，成為了新帝。

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隨後，多爾袞以攝政王的身份不斷打擊、擠壓豪格的勢力，並最終吞併了正藍旗，將正藍旗和自己的正白旗混編成新的正白和鑲白，原來的鑲白旗在多鐸死後被改成正藍旗，由多鐸長子多尼統領，多爾袞歸政後，作為皇帝親自掌握的兩黃旗也一起交給了順治，後來多爾袞死後，兩白旗由其養子多爾博統領，順治親政後三個月後，開始清算多爾袞，責令多爾博歸宗，遂將兩白旗收歸朝廷，這樣實力最強的兩白旗就落到了順治手裡，滿清問鼎中原後，兩黃旗以及正白旗被列為上三旗，作為皇家衛隊的主要力量拱衛京都，如紫禁城內武門、東西華門、神武門等都由上三旗守衛，其餘則駐守全國各地要塞。

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滿洲八旗是滿清統治者打擊明王朝，建立自己政權的基礎，後來隨著實力的大增，又相繼成立了“蒙古八旗”和“漢八旗”，這些旗兵成為滿清統治者滅亡大明王朝的主要軍事力量，他們不僅在軍事上發揮了重要作用，而且也具有行政和生產的雙層職能，後來隨著建制的不斷完善，各旗不僅具有軍營、前鋒營、驍騎營、健銳營和步兵營等常規軍種，還增加了司禁衛、雲梯和佈陣等職能，其基層組織叫牛錄，牛錄的長官叫牛錄章京，女真人編入旗籍後，其工作生活終生都歸牛錄章京管理，這一制度一直延續到清朝滅亡為止。